论文查重工具在比对文献数据库时通常采用的原理是基于文本相似度比对和信息检索技术。首先，文献数据库中的文档会被转化成数字或者特定的文本格式，然后通过算法将待查重的文档与数据库中的文献进行对比，计算它们之间的相似度。常用的比对方法包括基于字符串匹配的方法、基于语义相似度的方法等。而不同的查重工具可能会采用不同的算法和技术，导致比对结果的准确性和效率有所差异。

在选择论文查重工具时，需要考虑其比对文献数据库的方法和准确性。一些工具可能侧重于基于语义相似度的比对，而另一些则可能更注重于字符串匹配。此外，还应该考虑工具提供的功能和服务，比如是否支持多种文献格式的比对、是否提供详细的查重报告等。综合考虑各方面因素，选择适合自己需求的论文查重工具是至关重要的。