遇到知网查重脚注不识别的情况，首先可以尝试重新上传文档，确保文档格式正确无误。其次，可以尝试清除浏览器缓存或更换浏览器进行操作。如果问题仍未解决，建议联系知网客服寻求帮助，他们会提供进一步的技术支持和解决方案。

另外，还可以尝试将文档另存为其他格式再上传，有时不同格式的文档在知网查重时会有不同的识别效果。同时，检查文档中的脚注格式是否符合知网的要求，确保脚注内容清晰可读。如果问题持续存在，可以尝试在论坛或社群中询问其他用户是否遇到过类似情况，或许可以得到更多解决方案。